消費税の計算方法ですが、課税取引の合計が5000万円以下の医院は簡易課税という計算方法を選択することができます。

これは、患者さんから預かった消費税から支払先に支払った消費税を差し引く際に、差し引く消費税を、実際に支払った消費税額ではなく、預かった消費税に一定の割合をかけた金額を差し引くという方法です。例えば、預かった消費税が100万円あり実際に支払った消費税を30万円とすると納税額は70万円となるところです。これを、100万円×50%＝50万円として計算し、納税額は100万円−50万円＝50万円とする方法です。この割合は、業種によって定まっており医院の場合は50%です。

この方法のメリットは、経費を課税取引と非課税取引にわける必要がなく、計算が簡単であること。また医院は一般的に人件費の占める割合が大きく、人件費等給料は消費税がかからないため、差し引くことができる消費税が少なく、預かった消費税の50%を認めてくれる簡易課税の方が有利な場合があることが挙げられます。

デメリットとしては、多額の設備投資、例えば高価な医療機器の購入や医院の増改築など多額の消費税が発生する年度は、その分の消費税を差し引くことができないこと。また、一旦簡易課税を選択すると2年間は変更ができないことが挙げられます。