まず、収入に含まれる消費税額を算出します。例えば、自費収入が2100万円とすれば患者さんから預かった消費税は100万円となります。

次に、支払った経費に含まれる消費税額を算出します。例えば、課税対象となった経費が1575万円とすると、医院が支払先に支払った消費税額は75万円となります。

医院が納税する消費税額は、患者さんから預かった金額から、支払先に支払った消費税を差し引いた金額となります。ただし、経費の中には、自費診療のためにつかった経費もあれば保険診療のためにつかった経費もあります。保険診療のためにつかった経費は差し引くことができません。ですので、経費を、①自費診療のためのみに支出した金額②保険診療のためのみに支出した金額③自費診療、保険診療のいずれかに区分できない金額に区分します。そして、差し引ける金額は、①＋③×自費診療の全診療に占める割合となります。例えば、①の経費に含まれる消費税が10万円、③の経費に含まれる消費税が50万円で自費診療の占める割合が20%であれば、75万円のうち差し引くことができるのは、10万円＋50万円×20%＝20万円となります。その結果、納税する税額は、100万円−20万円=80万円となります。